Pamukkale

Şehir: 
Denizli
Kontenjan: 
10
Çalışma Koşulları: 
Öğrenci günde ortalama 4 saat çalışacaktır. Öğrencinin %80 katılımı gerekmektedir.
Öğrenci Kabul Edilen Aylar: 
Haziran
Temmuz
Ağustos
Öğrencinin Eğitim Durumu: 
Preklinik
Klinik
Konaklama ve Yemek İmkanları: 

Konaklama için, öğrenci yurdu veya öğrenci evinde sağlanacaktır.

Öğren yemeği dahildir.

 

 

Sosyal Program: 

Var

Projeler: 

1 Numaralı Proje:

Projenin adı: Behçet Hastalığı Modelinde Sitokin Gen Polimorfizmleri

Ana bilim dalının adı ve adresi: Pamukkale Üniversitesi Tıp Fakültesi Biyofizik AD (Morfoloji Binası), Kınıklı-DENİZLİ

Anabilim Dalı Başkanı: Prof.Dr.Erol Ömer ATALAY

Projeyi yürüten Hoca(lar): Doç.Dr.Ayfer ATALAY, Dr.Sanem ARIKAN

E-mail: eatalay@pau.edu.tr

Telefon: 0-258-2962487

 

Projenin Tanımı

Projenin amacı nedir? Bu projede hangi teknikler kullanılacak?

Projenin temel amacı adaya gensel polimorfizmler konusunda temel çalışma ve araştırma yaklaşımlarını aktarmak ve benzeri çalışmaları planlayabilme becerisini kazandırmaktır. Çalışmada kullanılacak yöntemler; kandan DNA izolasyonu, PCR (polimerase chain reaction), PCR ile elde edilen ürünlerin restriksiyon enzimleri kesimi, agaroz gel elektroforezi ve görüntüleme yöntemleri olarak tanımlanmaktadır. Anabilim Dalımızda gerek hemoglobinopati ve gerekse de Behçet Hastalığı gibi modellerde polimorfizm çalışmaları yapılmaktadır. Ayrıca bu modellere yönelik DNA bankaları da bulunmaktadır.

 

Projenin Tipi

Proje temel laboratuar çalışması olarak öngörülmekte olup molekülsel biyoloji temelli bir karaktere sahiptir.

Öğrenciye Proje Öncesinde Teorik Bir Ders Verilecek Mi?

Çalışma süresinde düzenli biçimde konuya ilişkin her gün en az 30 dakikalık bir kuramsal aktarım uygulanacaktır. Diğer taraftan adayın kendisine konuya ilişkin çeşitli derlem ve araştırma makaleleri verilerek bu bağlamda seminer vermesi istenecektir. Diğer taraftan adayın çalışma başlangıcında ve sonunda birer seminer vermesi gerekmektedir. Çalışmanın bitiminde aday, yapmış olduğu çalışma sonuçlarını içeren ayrıntılı yazılı bir rapor vermek durumundadır.

 

Öğrencinin Projedeki Rolü Ne Olacak ve Öğrenciden Proje Esnasında Hangi İşlerde Çalışması İstenecek? Öğrenci Bu Projeye katılarak ne gibi artılar kazanacak?

Aday çalışma süresince laboratuarımızda yapılan çalışmalara gerek uygulamalı ve gerekse de gözlemci olarak katılacaktır. Bu çalışma süresi sonunda adayın herhangi bir bilimsel toplantıda verilmek üzere bir poster sunumu hazırlaması beklenmektedir.

 

Öğrenci Bu Proje Sonucunda Ne Tür Bilgiler Kazanacak?

Aday bu çalışma süresinde molekülsel laboratuar çalışması konusunda temel deneyim kazabilecektir.

 

Gerekli Koşullar

Öğrencinin Değişime Katılabilmesi İçin Hangi Becerilere Sahip Olması Gerekiyor? Herhangi bir Teorik Bilgiye Sahip Olması Gerekli Mi? 

Adayın temel molekülsel kavramlar konusunda kuramsal bilgi düzeyine sahip olması beklenmektedir. Diğer taraftan adayın laboratuar çalışmasına ilgili olması gerekmektedir. Birinci hafta sonunda yapılacak değerlendirmede bu kavramlar içerisinde yetersiz bulunur ise kendisinin çalışma ile olan bağlantısı sonlandırılabilecektir.

 

Öğrenci Projeyle İlgili Makaleleri Şu Adresten Bulabilir.

Aday konu ile ilgili makalelelere Pubmed üzerinde, Behçet's Disease, gene polymorphisms, cytokine polymorphisms anahtar kelimeleri ile ulaşabilecektir.

Öğrencinin Türkçeden Başka Bir Dil Bilmesine Gerek Var Mı?

Evet. Adayın okuma, anlama ve ifade etme açısında yeterli düzeyde İngilizce bilmesi gerekmektedir.

 

Projeye Hangi Eğitim Seviyesindeki Öğrenciler Katılabilir?

Aday en az Dönem II'yi bitirmiş olmalıdır.

 

Öğrenci Günde en az 5 (-beş-) saat çalışacaktır. Bu bağlamda adayın haftada 25 saat çalışması beklenmektedir.

 

Öğrencinin Projeye Katılabileceği Aylar: Temmuz-Ağustos 2014 döneminde başlayabilecektir.

Tek seferde Değişimle Bu Projeye Kaç Öğrenci Katılabilir?

Tek seferde iki (-2-) aday kabul edilebilecektir.

Bir Yıl İçerisinde Kaç Öğrenci Katılabilir:

Bir yıl içerisinde en fazla dört (-4-) öğrenci kabul edilebilecektir.

 

 

2 Numaralı Proje:

Projenin adı: Sülfit molekülünün insan nöroblastom hücrelerinde (SHSY5Y) yeni bir onkogen olan URG4/URGCP geni üzerinden olası etki mekanizmasının araştırılması

 

Ana bilim dalının adı ve adresi: Pamukkale Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Temel Tıp Bilimleri, Tıbbi Biyoloji ve Genetik AD, 20070 Kınıklı /Denizli

 

Anabilim Dalı Başkanı: Prof. Dr. Hakan Akça

Projeyi yürüten Hoca(lar): Yrd. Doç. Dr. Yavuz Dodurga, Araş. Gör. Mücahit Seçme, Araş. Gör. Canan Eroğlu

E-mail: yavuzdodurga@gmail.com

Telefon: 05057130949

 

Projenin Tanımı

Projenin amacı nedir? Bu projede hangi teknikler kullanılacak?

 

Nöroblastom gibi sinir sistemi kökenli tümörlerde gerek cerrahi, gerekse diğer tedavi yaklaşımlarıyla tatmin edici sonuçların alınamaması, bu tümörlerin onkogenezi üzerinde ayrıntılı çalışma ihtiyacı doğurmuştur. Bu nedenle bu çalışma kapsamında nöroblastom gelişiminden sorumlu olabileceği düşünülen yeni bir gen olan URG4 geninin ve diğer kemoteropetik ajanlar gibi toksik olduğu bilinen ancak tedavide kullanılmayan sülfitin genetik değişiklikler üzerinde etkisinin araştırılması planlanmaktadır. Çalışma ekibimiz ve diğer araştırmacılar tarafından yapılmış olan farklı araştırmalarda da URG4’ün sadece karaciğer kanseri gelişiminde değil, mide kanseri, osteosarkom, over kanseri, prostat kanseri ve lösemi gelişiminde de etkili olabileceği gösterilmiştir. Ancak bugüne kadar yapılmış araştırmalarda, sinir sistemi tümörlerinde URG4’ün olası rolü araştırılmamış ve bilinmemektedir. Bu mekanizmanın ortaya konması URG4’ün beyin tümörlerindeki onkogenik fonksiyonunun açıklanmasında özgün ve önemli bir sorunun cevaplanmasına büyük katkılar sağlayabileceğini düşünmekteyiz.

Bu çalışma kapsamında nöroblastom gelişiminden sorumlu olabileceği düşünülen yeni bir gen olan URG4 geninin ve diğer kemoteropetik ajanlar gibi toksik olduğu bilinen ancak tedavide kullanılmayan sülfitin genetik değişiklikler üzerinde etkisinin araştırılması planlanmaktadır. Projemizden elde edilecek olan yeni veriler ışığında, nöroblastom gelişimi ile sonuçlanan karsinogenezde URG4/URGCP’nin bugüne kadar bilinmeyen kontrol mekanizmalarının açıklanmasına büyük katkı sağlayacağını düşünmekteyiz. Bu yüzden hem URG4/URGCP geni ile araştırma yapmak hem de URG4/URGCP’nin diğer genlerle olan ilişkilerinin nöroblastomda geniş çaplı değerlendirilmesinin sağlanması, her açıdan projemize özgünlük kazandırmaktadır. Çalışmanın kapsamına; SHSY-5Y nöroblastom hücreleri uygun kültür koşullarında çoğaltılıp, sülfitin hücre canlılığına olan etkisi XTT yöntemi ile belirlenecek, Trizol ile RNA izolasyonu yapılıp kontrol ve doz gruplarında ilgili gen ile ilişki mekanizma mRNA ve protein düzeyinde yarı kantitatif RCR ve Western Blotlama ile  belirlenmeye çalışılacaktır.

 

Projenin Tipi

-Laboratuvar Araştırmalı Klinik Çalışma

 

Öğrenciye Proje Öncesinde Teorik Bir Ders Verilecek Mi? 

 

Laboratuar koşulları ve dizayn edilecek deney düzeneği, hücre kültürü, PCR, elektroforez, jel görüntüleme teknikleri ile ilgili bilgiler verilecektir.

 

Öğrencinin Projedeki Rolü Ne Olacak ve Öğrenciden Proje Esnasında Hangi İşlerde Çalışması İstenecek? Öğrenci Bu Projeye katılarak ne gibi artılar kazanacak?

 

Proje kapsamında yer alacak öğrenciler, nöroblastom hücrelerinin çoğaltılıp, kültüre edilmesi, sülfitin hücrelere uygulanması, Sitotoksisite ve hücre canlılığı testinin yapılması, RNA izolasyonu, PCR ve jel görüntüleme ve protein tayini yöntemleri öğrenecek ve her uygulama basamağında yer alacaklardır.   Bu yöntemleri öğrenen öğrenciler proje sonunda genel hücre kültürü çalışmaları, gen ve protein düzeyinde ekspresyon değişimi analizi gibi konularda teorik ve pratik bilgiye sahip olacaklar ve bu tür başka çalışmaların planlanmasını kavrayacaklardır.

 

Öğrenci Bu Proje Sonucunda Ne Tür Bilgiler Kazanacak?

 

Bu yöntemleri öğrenen öğrenciler proje sonunda genel hücre kültürü çalışmaları, gen ve protein düzeyinde ekspresyon değişimi analizi gibi konularda teorik ve pratik bilgiye sahip olacaklar ve bu tür başka çalışmaların planlanmasını kavrayacaklardır.

 

Gerekli Koşullar

Öğrencinin Değişime Katılabilmesi İçin Hangi Becerilere Sahip Olması Gerekiyor? Herhangi bir Teorik Bilgiye Sahip Olması Gerekli Mi?  

Dönem I’ de temel bilimler derslerini sahip olması gerekiyor (Özellikle Tıbbi Biyoloji ve Genetik, Fizyoloji, Histoloji, Biyokimya…). Ayrıca çalışmada yer alacak öğrencinin hücre düzeyinde temel bilgi birikimine ve basit kanser terminolojisine sahip olması gerekmektedir.

Öğrenci Projeyle İlgili Makaleleri Şu Adresten Bulabilir

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23821302

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24592121

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22798713

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22709673

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20714998

 

Öğrencinin Türkçeden Başka Bir Dil Bilmesine Gerek Var Mı?

Makale taraması için İngilizce bilmesi yararına olacaktır.

Projeye Hangi Eğitim Seviyesindeki Öğrenciler Katılabilir?

-Klinik Öğrenci

-Pre-klinik Öğrenci

Öğrenci Günde 1-2 saat çalışacak (Günlük deney planına göre bu çalışma süresi değişmektedir).

Öğrencinin Projeye Katılabileceği Aylar:

Haziran-Temmuz-Ağustos

Tek seferde Değişimle Bu Projeye Kaç Öğrenci Katılabilir?

2-3

Bir Yıl İçerisinde Kaç Öğrenci Katılabilir: 2-3

 

 

3 Numaralı Proje:

 

Projenin adı (Detaylı bir şekilde):Calvatia gigantea özütünün A549 insan akciğer kanser hücrelerinde CCND1, CCND2, CDK4, p21 ve Akt gen ekspresyonu üzerine etkisi

Ana bilim dalının adı ve adresi:Pamukkale Üniversitesi,Tıp Fakültesi, Temel Tıp Bilimleri, Tıbbi Biyoloji ve Genetik AD., 20070 Kınıklı /Denizli

 

Anabilim Dalı Başkanı: Prof. Dr. Hakan Akça

 

Projeyi yürüten Hoca(lar): Yrd. Doç. Dr. Yavuz Dodurga, Arş. Gör. Canan Eroğlu, Arş. Gör. Mücahit Seçme.

 

E-mail:yavuzdodurga@gmail.com

 

Telefon: 0 505 713 09 49

 

Projenin amacı nedir? Bu projede hangi teknikler kullanılacak?

Projenin amacı insan akciğer kanser hücresi A549 üzerine Lycoperdaceae familyasına ait olan ve yenilebilir bir mantar türü  olan Calvatia gigantea ekstraktının etkisinin araştırılmasıdır. Yürütülecek olan çalışmada C.gigantea özütünün A549 akciğer kanser hücrelerinde anti kanser etkisini araştırmak amacıyla CCND1, CCND2, Cdk4, p21 ve Akt gen değişimleri hem RNA hem de protein düzeyinde değerlendirilecektir. C.gigantea özütünün A549 hücrelerinde sitotoksik etkisi XTT (2,3-Bis-(2-Metoksi-4-nitro-5-sülfofenil)-2H-Tetrazolium-5-Carboxanilide) testi kullanılarak değerlendirilecektir.Daha sonra doz ve kontrol grubu hücrelerden total RNA izolasyonu Tri-reagent metodu ile yapılacaktır. Hedef genlerin ekspresyon profilleri yarı kantitatif RT-PCR ile saptanacaktır. Protein değişimi Western Blot analizi ile belirlenecektir.

 

Projenin Tipi

-Laboratuvar Araştırmalı Klinik Çalışma

 

Öğrenciye Proje Öncesinde Teorik Bir Ders Verilecek Mi?

Hücre kültürü laboratuar koşulları ve deney planı anlatılacak. Çalışma esnasında kullanılacak metotlar hakkında teknik bilgi verilecektir.

 

Öğrencinin Projedeki Rolü Ne Olacak ve Öğrenciden Proje Esnasında Hangi İşlerde Çalışması İstenecek? Öğrenci Bu Projeye katılarak ne gibi artılar kazanacak?

Yürütülecek çalışma sırasında öğrenciler hücre kültürü, sitotoksisite testi, RNA izolasyonu, PCR, protein tayini yöntemlerinin her aşamasında yer alacaktır. Proje çalışması sonucunda öğrenciler kullanılan yöntemler hakkında teorik ve pratik bilgi edinmiş olacaklardır. Çalışma sonucunda öğrencilerin bilimsel bilgi ve becerilerinin gelişmesi beklenmektedir. Ayrıca bir bilimsel çalışmanın nasıl yürütüldüğü hakkında da fikir sahibi olacaklardır.

Öğrenci Bu Proje Sonucunda Ne Tür Bilgiler Kazanacak?

Proje çalışması sonucunda öğrenciler kullanılan yöntemler hakkında teorik ve pratik bilgi edinmiş olacaklardır. Çalışma sonucunda öğrencilerin bilimsel bilgi ve becerilerinin gelişmesi beklenmektedir.

 

Gerekli Koşullar

Öğrencinin Değişime Katılabilmesi İçin Hangi Becerilere Sahip Olması Gerekiyor? Herhangi bir Teorik Bilgiye Sahip Olması Gerekli Mi? 

Dönem I’ de temel bilimler derslerini sahip olması gerekiyor (Özellikle Tıbbi Biyoloji ve Genetik, Fizyoloji, Histoloji, Biyokimya…). Ayrıca çalışmada yer alacak öğrencinin hücre düzeyinde temel bilgi birikimine ve basit kanser terminolojisine sahip olması gerekmektedir.

Öğrenci Projeyle İlgili Makaleleri Şu Adresten Bulabilir:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24618684

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24603556

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20607061

 

Öğrencinin Türkçeden Başka Bir Dil Bilmesine Gerek Var Mı?

İngilizce bilmesi yararlı olacaktır.

Projeye Hangi Eğitim Seviyesindeki Öğrenciler Katılabilir?

-Klinik Öğrenci

-Pre-klinik Öğrenci

Öğrenci Günde 1-2 saat çalışacak (Günlük deney planına göre bu çalışma süresi değişmektedir).

Öğrencinin Projeye Katılabileceği Aylar:

Haziran-Temmuz-Ağustos

Tek seferde Değişimle Bu Projeye Kaç Öğrenci Katılabilir?

2-3

Bir Yıl İçerisinde Kaç Öğrenci Katılabilir: 2-3